Namun pada tahun 1779 Sultan Ismail yang telah mengelana selama 18 tahun berjaya mengambil alih kedudukan Yang Dipertuan Besar Siak daripada sepupunya Sultan Muhammad Ali[5]. .Muhammad Ali terpaksa berundur ke Petapahan mencari perlindungan dari Syarif Bendahara, tetapi tidak dikabulkan. Akhirnya, dia kembali ke ibu kota dan menyerah diri kepada sepupunya. Sultan Ismail lalu mengampuninya dan melantiknya menjadi Raja Muda.[6]

Setelah tidak lagi menjadi sultan, Muhammad Ali lebih banyak berdiam di Senapelan dan memberi tumpuan kepada pembangunan perdagangan di bandar tersebut[7]. Beliau kembali ke politik pada tahun 1781-1782 ketika dia dilantik sebagai wali Sultan Yahya, kemenakannya yang memerintah sebelum dewasa menggantikan ayahnya Sultan Ismail.[8].